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。叛军正在迎战，两边山上的伏兵举起了官兵的旗帜，叛军一见大为吃惊，以为官军已经攻占了自己的营地，因此溃不成军。官兵乘胜攻克横水，谢志山及其党羽萧贵模等都逃到桶冈去了，左溪也被官兵占领。守仁因为桶冈地势险固，易守难攻，所以把兵营安置在接近平地的地方，用或战或降或祸或福的道理晓谕敌人。叛军的首领蓝廷凤等正在惶恐不安之中，见到守仁的信使很高兴，约定十一月初一投降，可是刑王旬、伍文定的官兵已经冒着大雨，夺险而入。叛军碍于水阵，无以施展，刑王旬一直向前，英勇奋战，伍文定和张戬又从右边出击，叛军措手不及，战败而逃，路上撞着唐淳的官兵，又被打败。各路官兵攻占了桶冈，谢志山、萧贵模、蓝廷凤等叛军首领把自己捆绑了来到守仁帐下请求投降。总计此次战役，攻占叛军营地八十四个，俘虏、斩首六千余人。当时，湖广巡抚秦金也打败了龚福全，龚军部属约一千人逃窜到此，诸将立即擒拿了他们，并予以斩首。于是在横水设立崇义县，控制瑶民各部。还师赣州，计划攻打氵利头地方的乱军。
当初，守仁平定詹师富的乱军时，龙川的盗贼首领卢珂、郑志高、陈英都自请投降。到征讨横水时，氵利头的盗贼将领黄金巢也领五百人投降，只有池仲容还没有拿下。横水败后，池仲容才派他的弟弟池仲安来表示归顺，而又郑重其事地做着战斗或防御的准备，诈称卢珂、郑志高是他的仇敌，将会袭击我部，所以才做些防备。守仁假装把卢珂等杖打了一顿，背地里命令卢珂的弟弟集合部队等待战斗，然后下令疏散部队。新春时节张灯结彩，举行娱乐，池仲容半信半疑。守仁派人赏他节日物品，引诱他来称谢。池仲容果然带九十三个人下山，驻兵教场上，用几个做陪从进入王守仁军帐中求见。守仁指责他说“：你们都是我的百姓，却屯兵于外面，难道是怀疑我不成？”接着就把他们全部带进祥符宫中，用丰美的饮食招待。叛军于是大喜过望，越发感到安全。守仁把池仲容挽留下来观灯行乐。正月初三举办盛大宴席，在门里头埋伏了刀斧手，乱军将领进来后，挨个儿一一加以擒拿、杀戮。接着亲率大军攻打叛军巢穴，接连打入上、中、下三氵利，杀敌二千有余。余下的叛兵逃奔九连山，山势绵延数百里，地形陡峭，无法攻打。守仁于是简选七百名壮士，穿着叛军的服装，跑到山崖下边呼叫，叛军就招呼他们上去了。官兵又从外边攻打，内外呼应、夹击，叛军被擒拿、斩杀，无所遗留了。于是在下氵利设立和平县，安置部队防守，班师回朝。从此国境之内，大为安定了。
当初，朝廷认为盗贼势力强大，所以发动广东、湖广的兵力联合进剿。守仁递奏章上去制止这样做，但奏章没能到京，平定桶冈后，湖广的部队才到位；到平定氵利头时为止，广东部队还没有接到命令。守仁所带领的都是些文职官吏和偏裨军校，但他平定了几十年形成的强大叛军，所以远近人士大为惊奇，奉他为神明。朝廷升他的官为右副都御史，给他世袭锦衣卫百户的封赏，后又增至副千户。
正德十四年(1519)六月受命前往福建平定军队的反叛，走到丰城，宁王朱宸濠造反，知县顾亻必把这事报告给王守仁。守仁立即进兵吉安，和伍文定一道征召兵马、调运粮草，准备战争使用的器械和船只，并发布檄文揭露宸濠的罪行，要州县官吏各自率领下属和士绅起兵勤王。都御史王懋中，编修邹守益，副使罗循、罗钦德，郎中曾直，御史张鳌山、周鲁，评事罗侨，同知郭祥鹏，进士郭持平，贬官驿丞王思、李中，都参加了王守仁的部队。御史谢源、伍希儒从广东还朝路过，守仁留下他们负责记功。于是召集众人开会，说：“宸濠假如出兵沿长江顺流东下，那么南京就无法防守。我想用计阻挠他东下，哪怕他迟误十天也就没有什么可怕的了。”于是他派出很多间谍，传命府县说：“都督许泰、谷阝永率领边疆的部队，都督刘晖、桂勇率领北京的守军各四万人，水陆并进。南赣王守仁、湖广秦金、两广杨旦各率领自己的部队，计十六万人，直接攻打南昌，所到地方官吏没有守职的，以军法论罪。”又写了一封蜡封的密信给伪政府的丞相李士实、刘养正，内中说到他们归国的诚心，让他们诱劝宸濠早些发兵东下。然后让间谍人员泄漏信的内容。宸濠果然心中怀疑。和士实、养正商议战事，他们都劝宸濠急速攻战南京，就皇帝位，宸濠这下越发狐疑不定。十多天后刺探得知中外部队并没来到，才明白是守仁欺骗了他。七月初一日留宜春王朱拱木条据守本营，劫持他的部下六万人，袭击、占领九江、南康，然后兵出长江，逼向安庆。
守仁听说南昌兵少就高兴起来，马上进军樟树镇。知府临江戴德孺、袁州徐琏、赣州刑繤，都指挥余恩，通判瑞州胡尧元、童琦，抚州邹琥、安吉谈储，推官王日韦、徐文英，知县新淦李美、泰和李楫、万安王冕、宁都王天兴，各自带兵前来会合，共八万人，号称三十万。有人请出兵援助安庆，守仁说：“不能这样。现在九江、南康已被敌军占有，我们越过南昌和敌人在江面上争持，九江、南康两郡兵力断我后路，这样将会腹背两面受敌。不如我们直接攻打南昌。敌人的精锐部队全出动了，防御力量虚弱。我军刚刚会合，气势正锐，攻打南昌一定能胜。宸濠知道南昌被打下，一定会回师解围，我们迎上去在鄱阳湖中打击他，没有不能取胜的道理。”大家一齐说“好”七月十八日驻兵丰城，以文定为先锋，先遣奉新知县刘守绪袭击了敌人的伏兵。十九日夜半时分，文定的部队进抵广润门，守兵吓得一哄而散。二十日黎明，各路官兵用云梯、绳索登上城墙，打下南昌，俘缚了拱木条等，宫人大多已被烧死。官兵在南昌有不少杀人、抢劫行为，守仁斩了十多个违犯军令的官兵，赦免了从犯人员，并安定南昌士绅和百姓，慰问、劝告宗室遗留，南昌人民才又高兴起来。
过了两天，派文定、刑繤、徐琏、德孺各领精兵分路前进，让尧元等将设下埋伏。宸濠果然从安庆撤兵而回，二十四日两军相遇于黄家渡。文定的部队抵挡敌人的前锋，宸濠的部队以为好欺迅速进攻。刑繤部从敌人后面绕出打击其中部队伍，文定、余恩追逐敌人，徐琏、德孺分两翼进攻，分散敌人的力量，尧元等率领的伏兵又发起攻势，敌人大败，退而防守八字脑。宸濠害怕了，发动了南康、九江的全部兵力。守仁于是派知府抚州陈槐、饶州林城攻取九江，建昌曾王与、广信周朝佐攻取南康。二十五日又一次战斗，官军退却，守仁把先后退的给杀了，于是各路人马拼死战斗，敌人又一次大败，退保樵舍，把战船连在一起组成方阵，又拿出全部金银财宝犒赏将士。第二天清晨，宸濠正在会见群臣，官军覆压而来，用小船载着柴草，乘着风势放火，烧坏了宸濠坐用的副舰，宸濠的妃子自娄氏以下都投水而死。宸濠的坐船搁浅，仓卒之中换了一条船逃跑，王冕部下的士兵追上去逮住了他。士实、养正及投降敌人的按察使杨璋等人都被活捉。南康、九江也打下来了。前后仅三十五天宸濠叛乱就被平定了。当初，京城里得知叛乱事发，朝廷里的大臣们感到震惊、恐惧。王琼扬言说：“王伯安驻兵南昌上游，一定会活捉宸濠的。”到此时，果然得到报上的胜利消息。
武宗皇帝当时已经亲自出征，自称威武大将军，率领京郊勇悍的驻军数万人南下作战。任命安边伯许泰为副将军，和提督军务的太监张忠、平贼将军左都督刘晖率领京兵数千人溯江而上，抵达南昌。这些得到武宗宠爱的小人们原本是和宸濠声气相通的，守仁最初报告宸濠造反的上书中有这样的话“：图谋篡位的不只是一个宁王，请罢黜那些奸人和从谀之臣以挽回天下英雄豪杰不能安分的心思。”所以这些小人都心中怀恨。宸濠叛乱平定以后，就一齐起来嫉妒守仁的功劳。又因为怕守仁见到皇帝时揭发他们的罪证，所以争着制造流言蜚语，说守仁原先曾和宸濠往来谋划，后来考虑到叛乱不能成功，才起兵镇压叛乱。又想要守仁把宸濠假释于鄱阳湖中，好让武宗自己擒拿他。
守仁在张忠、许泰兵马来到之前就已经俘虏了宸濠，打下南昌。张忠、许泰用威武大将军的名义传令要守仁到广信去。守仁不予理睬，而从小路进驻玉山，上书请亲献俘虏，并制止武宗带兵南下。武宗不听他的请求。守仁行到钱塘，遇见太监张永。张永提督赞划机密军务，在张忠、许泰官阶之上。过去曾和杨一清友好，翦除刘瑾，天下人都称赞他。守仁夜间拜会张永，称颂他的贤德，借此极力说起江西的贫困破败，不能再承受皇帝官兵的烦扰了。张永赞同他的意见，说“：我这次来，是为了调理、照顾皇上的身体，不是为了邀功。你的大功，我知道，但是事情不能办得太直率了。”守仁于是把宸濠交给了张永，自己到京口，想要觐见皇帝。接到巡抚江西的任命，才回到南昌。此时张忠、许泰已经先来到南昌，恨自己没能拿到宸濠，所以怂恿京军向守仁挑衅，甚或直呼其名，大肆谩骂。守仁不为所动，相反对他们的慰劳愈见亲厚。病的给他药吃，死的给他棺材埋葬，路上碰见出丧，肯定停下车来，慰问他们很长时间才会离去。京军说王都堂这般爱护我们，所以没有再来侵扰的了。张忠、许泰问：“宁王府的富有天下称首，其积蓄现在哪里去了？”守仁答道“：宸濠当时都用来贿赂京城要人，约定内应了，现有凭单可以查看。”张忠、许泰过去曾经收受过宸濠的贿赂，所以气色收敛，不敢再说了。过后，他们轻看守仁是个读书人，逼着他到校场里射箭去。守仁从容地拉开弓弦，三射三中。京军都在大声欢呼，张忠、许泰越发沮丧。到了冬至时节，守仁传命城里居民在街头巷尾大行祭祀，然后，到坟地去哀哭。当时刚刚经历宸濠叛乱，死伤人多，所以悲号痛哭之声响彻四野。京军离家久了，听到这样的丧祭之声无不泪流纵横，各思还乡。张忠、许泰迫不得已，班师还朝去了。等见到武宗，和纪功给事中祝续、御史章纶一起，对守仁百端污蔑、中伤，只有张永从中斡旋，常常替守仁开脱罪名。张忠在武宗面前扬言道“：王守仁日后必反，试着召他来觐见，一定不会来的。”张忠、许泰几次用假圣旨召唤守仁，守仁得到张永的秘密信件，都不赴会。至此知道是武宗的真意，立即骑马而来。张忠、许泰计谋破败，就不叫他见到武宗。守仁于是上到九华山上，每日里宴游或独坐在和尚的寺庙里。武宗派人窥探得知这些，说：“王守仁是个学道的人，听见召唤就来了，怎么说他要造反呢？”于是放他回去镇守南昌，要他有机会再上捷报。守仁于是修改了以前的奏章，说是按照威武大将军的方略讨平叛乱，并且把那帮小人的名字都放入有功之列，江彬等至此才无话可说了。
当时谗言四起，奸邪勾结，祸乱、变化之机深不可测，没有守仁，东南一带的国事几于败乱。世宗深深懂得这一点，所以才即位就催召守仁入朝受封。可是大学士杨廷和与王琼相互忌妒。守仁前前后后平定多处叛乱，大率归功于王琼，廷和心中不愉快，其他大臣也很忌恨他的功勋。正好朝中有人说先皇帝逝世，国哀没有结束，不适于举办宴会、论功封赏，因而只任命守仁做南京兵部尚书。守仁没有去上任，上书请允许他回乡省亲。过后，评价功绩晋升为特进光禄大夫、柱国、新建伯，允许世袭，每年俸禄一千石。但是没有颁发铁券，每年的岁禄也没有兑现。和他同事立了功的，只有吉安太守伍文定做了大官，受到上等的奖赏。其他人名义上都升了，而背地里都遭抑制，废弃罢免得无一幸存。守仁心中愤恨至极。当时他的父亲已经去世，他多次上书辞免爵位不接受，请登录其他人的功劳，都没有结果。守丧完毕，也不再召他入官。很久以后，友人席书及门弟子方献夫、黄绾因为议论礼制得到皇帝宠爱，他们对张璁、桂萼说起此事，打算召守仁入官，而费宏一向忌恨守仁，又破坏了这事。总之，屡次提出让守仁充兵部尚书、三边总督、提督团营，都没能实现。
嘉靖六年(1527)，思恩、田州的民族首领卢苏、王受造反。总督姚镆不能镇压，朝廷才发布诏书让守仁以原先的官职兼左都御史，总督两广并兼为巡抚。黄绾借此机会上书争辩守仁的功绩，请赐给他铁券和岁禄，并评定以前讨伐宸濠的大臣们的功劳，世宗都说可以。守仁在行军途中，上书陈说用兵的错误，并且讲道“：思恩还没有设立汉人充任的流官时，民族首领每年派出三千士兵听从官府征用。设流官以后，朝廷反而年年派兵数千人在这里防守。这样说来设立流官没有用处是显然可知的了。况且田州与交趾接壤，深山绝谷，都被瑶人、僮人盘踞着，肯定还是设立土著人充任的土官，才好凭借他们的兵力作为中国的屏障，如果改土官为流官，那么边境的兵患，只有朝廷自己担当了，以后一定会有悔恨的。”他的奏章被下发到兵部讨论，尚书王时中列举了其中不恰当的地方共五条，世宗命令守仁再做商议。十二月，守仁抵达浔州，正好巡按御史石金已经定计准备招抚，就遣散了各路兵马，留下永顺、保靖的土著士兵数千人，解除战备，原地休息。卢苏、王受本来就想得到招安而不能，听说守仁的部队来更加害怕了，只到这时才十分高兴起来。守仁到南宁，他们二人派遣使节请求投降，守仁命令他们来帐前听候命令。二人私下里议论说：“这位王公一向多诡诈，可别给他哄骗了啊。”所以布置了兵阵方才进去相见。守仁列举了他们的罪过，各打了一顿大棍，然后放了他们。又亲自进入他们的军营，安抚他们的七万兵卒。接着，写奏章上报给朝廷，陈说了用兵的十种害处，与招安的十大好处。就此请仍旧设立流官，酌情裁割田州的地盘，另立一新州，以岑猛的第二个儿子岑邦相为代理长官，暂时管理州事，等以后立了功正式提升为知州。在田州，设置了十九个巡检司，以卢苏、王受等人统领其事，一并接受流官知府的管辖。世宗都听从了他的意见。
断藤峡一带瑶族的乱民，往上接连着八寨，往下和仙台、花相等洞居的蛮人相通，势力绵延达三百多里，郡邑受其害已有几十年。守仁想讨伐他们，所以留在南宁。解退湖广一带的部队，以显示不再用兵。伺敌人不加戒备的机会，挺师而进，打下牛肠、六寺等十多个营寨，断藤峡的乱民全被平定了。于是沿着横石江向下，打败了仙台、花相、白竹、古陶、罗凤等地的乱民。命令布政使林富率领卢苏、王受的部队一直挺进八寨，攻克石门，副将沈希仪请出兵斩杀败逃的乱民，就这样荡平了八寨。
开始，世宗因为卢苏、王受的招安，派遣使臣持加盖玉玺的诏书前往奖谕。及守仁报上断藤峡的捷报，世宗却用手诏问阁臣杨一清等人，以为守仁自我吹嘘，并且问到守仁生平的学术思想。一清等不知怎么回答才好。守仁这次得到起用，是由于张璁、桂萼的推荐，桂萼原本不喜欢守仁，他的推荐是张璁强迫才做出的。后来桂萼领职吏部，张璁入主内阁，双方势均力敌，不相上下。桂萼平步青云，喜好功名，曾劝守仁占领交趾。守仁辞谢不听。一清很了解守仁，可是黄绾曾上书世宗想让守仁入为辅臣，诋毁一清，一清因此也不能没有迁恨之心。桂萼于是公开批评守仁征战、招安一并失误，因此，对守仁例行的封赏被取消了。方献夫和霍韬感到不公正，上书世宗争论说“：各路瑶民多年以来是国家的祸患，起初朝廷曾用兵几十万，仅仅占领一个思州，不久又被乱民占有。守仁片言只语传送过去，思恩、田州的乱民低头纳降。至于八寨、断藤峡的乱民，为深岩绝壁所阻隔，开国以来，没人敢轻易说到剿除他，现在一举铲平，好似摧枯拉朽。可是议论的人却说守仁接到的命令是出征思恩、田州，不曾命令他讨伐八寨。封疆大吏外出征战，有可以安定国家，造福社稷的机会，专断应是可以的。况且守仁曾经领到诏旨，允许灵活机动，见机行事，怎么就不可以这么办呢？守仁平定宁王叛乱，忌恨他的人诬蔑他当初曾和宁王同谋，又谎称他以车辆载运钱帛。当时大臣杨廷和、乔宇装饰成真，至今还不曾为守仁平反昭雪。作为大臣忠诚得像守仁那样，有大功勋像守仁那样，一受委屈于江西，再受委屈于两广。我们真怕做事的大臣灰了心，部队里将士离散，以后我明朝边疆有战事时，谁还肯再为陛下分挑担子呢？”世宗对此也只是说知道而已。
守仁这时已经病得很厉害，上书请求告老回乡，推荐勋阳巡抚林富代替自己，不等朝廷的批复就回去了。走到南安就病死了，终年五十七岁。灵柩经过江西，军民无不身着白衣，哭泣相送。
守仁天生不同常人。十七岁时拜访上饶人娄谅，和他讲论朱子格物之学的大意。回家以后，每日里正身而坐，研读五经，不轻易和人说笑。从九华山游历归来，在阳明洞中建造住室，泛览道、释两家的学说，几年下来没有什么收获。贬官于龙场时，荒僻之地，无书可读，只好天天思索旧日已得的知识。一天，忽然悟到格物致知，应当自求于己心，而不能去向事物求索，慨然感叹说：“道就在这里呀。”从此深信不疑。他因道设教，专门以发明良知为主旨。认为宋代周敦颐、二程兄弟以后，只有象山陆九渊的学说简易直捷，能够上接孟轲的学统。而朱熹的集注、或问等，是中年时还不成熟的学说。当世学者翕然而听从，所以社会上有“阳明学”的称法。
守仁死后，桂萼弹劾他擅离职守。世宗大为恼火，下令朝廷大臣议论。桂萼等人说：“守仁做事不取法先贤，讲学不称道前儒。想要标新立异抬高自己，才批评朱熹格物致知的学说；知道群众的公论不得赞成他，所以掇弄一本关于朱熹晚年定论的书。召引门徒，相互唱和。有才能的人喜欢他的随意，没出息的人借用他的虚名。师传弟习，转生错讹，越来越荒谬。但是守仁讨伐。。地的叛乱，活捉造反的宁王，功劳还是值得纪念的，应该免予追夺伯爵，以显示皇朝的信誉，禁止传播邪说，以端正人民的思想。”世宗于是发布诏书，停止了世袭伯爵的特权，后事处理的典礼也不予举行。隆庆初年，朝廷大臣很赞扬他的功绩，穆宗于是下诏追赠他为新建侯，谥文成。二年准予世袭伯爵。以后又有请把守仁与薛蠧、陈献章一齐放在文庙中从祀的，穆宗允准大臣讨论，结果以薛蠧从祀。到万历十二年(1584)，御史詹事讲又重申以前的请求。大学士申时行等人说：“守仁所讲致知出自大学，良知出自孟子。陈献章主静，继承宋朝大儒周敦颐、程颢。况且孝友之德，进退出处像献章，气节、文章、功业像守仁，不能说是禅客。实在应予尊崇、祭祀。”并且说胡居仁思想纯正，行为笃实，为社会舆论所肯定，也该一道祭祀。神宗皇帝听从了他。一直到明代灭亡，孔庙中从祀的也只守仁等四个人而已。守仁的学生遍布天下，那些专门列传的不再记载。只有冀元亨曾经和守仁共过患难。
冀元亨，字惟乾，武陵人，深信守仁的学说。考中正德十一年(1516)乡试。跟从守仁在赣时，守仁嘱托他教育自己的儿子。宸濠心怀不轨，但外表却追求高名，曾写信给守仁向他请教学问，守仁派元亨前往讲学。宸濠说一些挑逗性的话，元亨假装不明白他的意思，只是和他谈学问，宸濠以为他痴迷。后来为宸濠讲解西铭，反复多次，把君臣之间的大义讲得很明白。宸濠也佩服了，给他很多礼物，送他回去，元亨把这些礼物入了公。后来，宸濠叛乱失败，张忠、许泰诬蔑守仁曾和他勾结。审问宸濠，宸濠说没有。张忠等人不停地审问，宸濠说：“只是他曾经派冀元亨来和我讲论过学问。”张忠等这下十分高兴，就对元亨施以棒打，加以炮烙，元亨最后还是不承认，被戴上枷锁，投入京城的大牢之中。
世宗皇帝即位后，议论者一次次说明他的冤屈，被释放才五天也就死了。元亨在监狱中，对待其他囚犯如同兄弟，犯人们都感动得落泪。他被逮捕时，官吏同时收捕了他的妻子李氏，李氏面无惧色，说道：“我的丈夫尊敬师儒，热爱善德，哪里还有别的意图呢？”在监狱中，还和两个女儿一齐不停地编理麻粆。事情将澄清的时候，看守想放她们出去，她说“：不能看到我丈夫，出狱后我们到哪去？”按察司的官太太们听说了她的贤慧，召她上门，她婉词谢绝。她们亲自到监狱探望，李氏还是穿着囚服相见，手里还没有放下麻粆编理的活儿。问到她丈夫的学问，她说：“我丈夫的学问就是妇女不要走出闺门与衽席之间。”这些官太太们一听这话，顿时肃然起敬。
评论：王守仁最初因为正直有节操而著名，等到负责疆场的战事的时候，率领一支无战斗力的军队，背后几个文弱书生，却也能扫除多年不法的乱民，平定藩王的武装叛乱。整个明朝一代，文官用兵而克敌制胜，没有像守仁这样出色的。当着险难重重，并为皇帝疑心的时候，他能够做到精神专一、策划周到。这虽然因为他天资高明，不也是得益于他那精神世界吗？可是他夸耀自己的学术创见，标新立异，不同于先代的大儒，最后受到了学者的批评。守仁生前曾说胡世宁没有讲学，世宁说：“我倒是恨先生你多了讲学一事！”桂萼对他的指责虽然源出嫉恨的私心，但守仁学说的流弊是那样的，这不能因为他功绩很多就为他忌讳不说。
。叛军正在迎战，两边山上的伏兵举起了官兵的旗帜，叛军一见大为吃惊，以为官军已经攻占了自己的营地，因此溃不成军。官兵乘胜攻克横水，谢志山及其党羽萧贵模等都逃到桶冈去了，左溪也被官兵占领。守仁因为桶冈地势险固，易守难攻，所以把兵营安置在接近平地的地方，用或战或降或祸或福的道理晓谕敌人。叛军的首领蓝廷凤等正在惶恐不安之中，见到守仁的信使很高兴，约定十一月初一投降，可是刑王旬、伍文定的官兵已经冒着大雨，夺险而入。叛军碍于水阵，无以施展，刑王旬一直向前，英勇奋战，伍文定和张戬又从右边出击，叛军措手不及，战败而逃，路上撞着唐淳的官兵，又被打败。各路官兵攻占了桶冈，谢志山、萧贵模、蓝廷凤等叛军首领把自己捆绑了来到守仁帐下请求投降。总计此次战役，攻占叛军营地八十四个，俘虏、斩首六千余人。当时，湖广巡抚秦金也打败了龚福全，龚军部属约一千人逃窜到此，诸将立即擒拿了他们，并予以斩首。于是在横水设立崇义县，控制瑶民各部。还师赣州，计划攻打氵利头地方的乱军。
当初，守仁平定詹师富的乱军时，龙川的盗贼首领卢珂、郑志高、陈英都自请投降。到征讨横水时，氵利头的盗贼将领黄金巢也领五百人投降，只有池仲容还没有拿下。横水败后，池仲容才派他的弟弟池仲安来表示归顺，而又郑重其事地做着战斗或防御的准备，诈称卢珂、郑志高是他的仇敌，将会袭击我部，所以才做些防备。守仁假装把卢珂等杖打了一顿，背地里命令卢珂的弟弟集合部队等待战斗，然后下令疏散部队。新春时节张灯结彩，举行娱乐，池仲容半信半疑。守仁派人赏他节日物品，引诱他来称谢。池仲容果然带九十三个人下山，驻兵教场上，用几个做陪从进入王守仁军帐中求见。守仁指责他说“：你们都是我的百姓，却屯兵于外面，难道是怀疑我不成？”接着就把他们全部带进祥符宫中，用丰美的饮食招待。叛军于是大喜过望，越发感到安全。守仁把池仲容挽留下来观灯行乐。正月初三举办盛大宴席，在门里头埋伏了刀斧手，乱军将领进来后，挨个儿一一加以擒拿、杀戮。接着亲率大军攻打叛军巢穴，接连打入上、中、下三氵利，杀敌二千有余。余下的叛兵逃奔九连山，山势绵延数百里，地形陡峭，无法攻打。守仁于是简选七百名壮士，穿着叛军的服装，跑到山崖下边呼叫，叛军就招呼他们上去了。官兵又从外边攻打，内外呼应、夹击，叛军被擒拿、斩杀，无所遗留了。于是在下氵利设立和平县，安置部队防守，班师回朝。从此国境之内，大为安定了。
当初，朝廷认为盗贼势力强大，所以发动广东、湖广的兵力联合进剿。守仁递奏章上去制止这样做，但奏章没能到京，平定桶冈后，湖广的部队才到位；到平定氵利头时为止，广东部队还没有接到命令。守仁所带领的都是些文职官吏和偏裨军校，但他平定了几十年形成的强大叛军，所以远近人士大为惊奇，奉他为神明。朝廷升他的官为右副都御史，给他世袭锦衣卫百户的封赏，后又增至副千户。
正德十四年(1519)六月受命前往福建平定军队的反叛，走到丰城，宁王朱宸濠造反，知县顾亻必把这事报告给王守仁。守仁立即进兵吉安，和伍文定一道征召兵马、调运粮草，准备战争使用的器械和船只，并发布檄文揭露宸濠的罪行，要州县官吏各自率领下属和士绅起兵勤王。都御史王懋中，编修邹守益，副使罗循、罗钦德，郎中曾直，御史张鳌山、周鲁，评事罗侨，同知郭祥鹏，进士郭持平，贬官驿丞王思、李中，都参加了王守仁的部队。御史谢源、伍希儒从广东还朝路过，守仁留下他们负责记功。于是召集众人开会，说：“宸濠假如出兵沿长江顺流东下，那么南京就无法防守。我想用计阻挠他东下，哪怕他迟误十天也就没有什么可怕的了。”于是他派出很多间谍，传命府县说：“都督许泰、谷阝永率领边疆的部队，都督刘晖、桂勇率领北京的守军各四万人，水陆并进。南赣王守仁、湖广秦金、两广杨旦各率领自己的部队，计十六万人，直接攻打南昌，所到地方官吏没有守职的，以军法论罪。”又写了一封蜡封的密信给伪政府的丞相李士实、刘养正，内中说到他们归国的诚心，让他们诱劝宸濠早些发兵东下。然后让间谍人员泄漏信的内容。宸濠果然心中怀疑。和士实、养正商议战事，他们都劝宸濠急速攻战南京，就皇帝位，宸濠这下越发狐疑不定。十多天后刺探得知中外部队并没来到，才明白是守仁欺骗了他。七月初一日留宜春王朱拱木条据守本营，劫持他的部下六万人，袭击、占领九江、南康，然后兵出长江，逼向安庆。
守仁听说南昌兵少就高兴起来，马上进军樟树镇。知府临江戴德孺、袁州徐琏、赣州刑繤，都指挥余恩，通判瑞州胡尧元、童琦，抚州邹琥、安吉谈储，推官王日韦、徐文英，知县新淦李美、泰和李楫、万安王冕、宁都王天兴，各自带兵前来会合，共八万人，号称三十万。有人请出兵援助安庆，守仁说：“不能这样。现在九江、南康已被敌军占有，我们越过南昌和敌人在江面上争持，九江、南康两郡兵力断我后路，这样将会腹背两面受敌。不如我们直接攻打南昌。敌人的精锐部队全出动了，防御力量虚弱。我军刚刚会合，气势正锐，攻打南昌一定能胜。宸濠知道南昌被打下，一定会回师解围，我们迎上去在鄱阳湖中打击他，没有不能取胜的道理。”大家一齐说“好”七月十八日驻兵丰城，以文定为先锋，先遣奉新知县刘守绪袭击了敌人的伏兵。十九日夜半时分，文定的部队进抵广润门，守兵吓得一哄而散。二十日黎明，各路官兵用云梯、绳索登上城墙，打下南昌，俘缚了拱木条等，宫人大多已被烧死。官兵在南昌有不少杀人、抢劫行为，守仁斩了十多个违犯军令的官兵，赦免了从犯人员，并安定南昌士绅和百姓，慰问、劝告宗室遗留，南昌人民才又高兴起来。
过了两天，派文定、刑繤、徐琏、德孺各领精兵分路前进，让尧元等将设下埋伏。宸濠果然从安庆撤兵而回，二十四日两军相遇于黄家渡。文定的部队抵挡敌人的前锋，宸濠的部队以为好欺迅速进攻。刑繤部从敌人后面绕出打击其中部队伍，文定、余恩追逐敌人，徐琏、德孺分两翼进攻，分散敌人的力量，尧元等率领的伏兵又发起攻势，敌人大败，退而防守八字脑。宸濠害怕了，发动了南康、九江的全部兵力。守仁于是派知府抚州陈槐、饶州林城攻取九江，建昌曾王与、广信周朝佐攻取南康。二十五日又一次战斗，官军退却，守仁把先后退的给杀了，于是各路人马拼死战斗，敌人又一次大败，退保樵舍，把战船连在一起组成方阵，又拿出全部金银财宝犒赏将士。第二天清晨，宸濠正在会见群臣，官军覆压而来，用小船载着柴草，乘着风势放火，烧坏了宸濠坐用的副舰，宸濠的妃子自娄氏以下都投水而死。宸濠的坐船搁浅，仓卒之中换了一条船逃跑，王冕部下的士兵追上去逮住了他。士实、养正及投降敌人的按察使杨璋等人都被活捉。南康、九江也打下来了。前后仅三十五天宸濠叛乱就被平定了。当初，京城里得知叛乱事发，朝廷里的大臣们感到震惊、恐惧。王琼扬言说：“王伯安驻兵南昌上游，一定会活捉宸濠的。”到此时，果然得到报上的胜利消息。
武宗皇帝当时已经亲自出征，自称威武大将军，率领京郊勇悍的驻军数万人南下作战。任命安边伯许泰为副将军，和提督军务的太监张忠、平贼将军左都督刘晖率领京兵数千人溯江而上，抵达南昌。这些得到武宗宠爱的小人们原本是和宸濠声气相通的，守仁最初报告宸濠造反的上书中有这样的话“：图谋篡位的不只是一个宁王，请罢黜那些奸人和从谀之臣以挽回天下英雄豪杰不能安分的心思。”所以这些小人都心中怀恨。宸濠叛乱平定以后，就一齐起来嫉妒守仁的功劳。又因为怕守仁见到皇帝时揭发他们的罪证，所以争着制造流言蜚语，说守仁原先曾和宸濠往来谋划，后来考虑到叛乱不能成功，才起兵镇压叛乱。又想要守仁把宸濠假释于鄱阳湖中，好让武宗自己擒拿他。
守仁在张忠、许泰兵马来到之前就已经俘虏了宸濠，打下南昌。张忠、许泰用威武大将军的名义传令要守仁到广信去。守仁不予理睬，而从小路进驻玉山，上书请亲献俘虏，并制止武宗带兵南下。武宗不听他的请求。守仁行到钱塘，遇见太监张永。张永提督赞划机密军务，在张忠、许泰官阶之上。过去曾和杨一清友好，翦除刘瑾，天下人都称赞他。守仁夜间拜会张永，称颂他的贤德，借此极力说起江西的贫困破败，不能再承受皇帝官兵的烦扰了。张永赞同他的意见，说“：我这次来，是为了调理、照顾皇上的身体，不是为了邀功。你的大功，我知道，但是事情不能办得太直率了。”守仁于是把宸濠交给了张永，自己到京口，想要觐见皇帝。接到巡抚江西的任命，才回到南昌。此时张忠、许泰已经先来到南昌，恨自己没能拿到宸濠，所以怂恿京军向守仁挑衅，甚或直呼其名，大肆谩骂。守仁不为所动，相反对他们的慰劳愈见亲厚。病的给他药吃，死的给他棺材埋葬，路上碰见出丧，肯定停下车来，慰问他们很长时间才会离去。京军说王都堂这般爱护我们，所以没有再来侵扰的了。张忠、许泰问：“宁王府的富有天下称首，其积蓄现在哪里去了？”守仁答道“：宸濠当时都用来贿赂京城要人，约定内应了，现有凭单可以查看。”张忠、许泰过去曾经收受过宸濠的贿赂，所以气色收敛，不敢再说了。过后，他们轻看守仁是个读书人，逼着他到校场里射箭去。守仁从容地拉开弓弦，三射三中。京军都在大声欢呼，张忠、许泰越发沮丧。到了冬至时节，守仁传命城里居民在街头巷尾大行祭祀，然后，到坟地去哀哭。当时刚刚经历宸濠叛乱，死伤人多，所以悲号痛哭之声响彻四野。京军离家久了，听到这样的丧祭之声无不泪流纵横，各思还乡。张忠、许泰迫不得已，班师还朝去了。等见到武宗，和纪功给事中祝续、御史章纶一起，对守仁百端污蔑、中伤，只有张永从中斡旋，常常替守仁开脱罪名。张忠在武宗面前扬言道“：王守仁日后必反，试着召他来觐见，一定不会来的。”张忠、许泰几次用假圣旨召唤守仁，守仁得到张永的秘密信件，都不赴会。至此知道是武宗的真意，立即骑马而来。张忠、许泰计谋破败，就不叫他见到武宗。守仁于是上到九华山上，每日里宴游或独坐在和尚的寺庙里。武宗派人窥探得知这些，说：“王守仁是个学道的人，听见召唤就来了，怎么说他要造反呢？”于是放他回去镇守南昌，要他有机会再上捷报。守仁于是修改了以前的奏章，说是按照威武大将军的方略讨平叛乱，并且把那帮小人的名字都放入有功之列，江彬等至此才无话可说了。
当时谗言四起，奸邪勾结，祸乱、变化之机深不可测，没有守仁，东南一带的国事几于败乱。世宗深深懂得这一点，所以才即位就催召守仁入朝受封。可是大学士杨廷和与王琼相互忌妒。守仁前前后后平定多处叛乱，大率归功于王琼，廷和心中不愉快，其他大臣也很忌恨他的功勋。正好朝中有人说先皇帝逝世，国哀没有结束，不适于举办宴会、论功封赏，因而只任命守仁做南京兵部尚书。守仁没有去上任，上书请允许他回乡省亲。过后，评价功绩晋升为特进光禄大夫、柱国、新建伯，允许世袭，每年俸禄一千石。但是没有颁发铁券，每年的岁禄也没有兑现。和他同事立了功的，只有吉安太守伍文定做了大官，受到上等的奖赏。其他人名义上都升了，而背地里都遭抑制，废弃罢免得无一幸存。守仁心中愤恨至极。当时他的父亲已经去世，他多次上书辞免爵位不接受，请登录其他人的功劳，都没有结果。守丧完毕，也不再召他入官。很久以后，友人席书及门弟子方献夫、黄绾因为议论礼制得到皇帝宠爱，他们对张璁、桂萼说起此事，打算召守仁入官，而费宏一向忌恨守仁，又破坏了这事。总之，屡次提出让守仁充兵部尚书、三边总督、提督团营，都没能实现。
嘉靖六年(1527)，思恩、田州的民族首领卢苏、王受造反。总督姚镆不能镇压，朝廷才发布诏书让守仁以原先的官职兼左都御史，总督两广并兼为巡抚。黄绾借此机会上书争辩守仁的功绩，请赐给他铁券和岁禄，并评定以前讨伐宸濠的大臣们的功劳，世宗都说可以。守仁在行军途中，上书陈说用兵的错误，并且讲道“：思恩还没有设立汉人充任的流官时，民族首领每年派出三千士兵听从官府征用。设流官以后，朝廷反而年年派兵数千人在这里防守。这样说来设立流官没有用处是显然可知的了。况且田州与交趾接壤，深山绝谷，都被瑶人、僮人盘踞着，肯定还是设立土著人充任的土官，才好凭借他们的兵力作为中国的屏障，如果改土官为流官，那么边境的兵患，只有朝廷自己担当了，以后一定会有悔恨的。”他的奏章被下发到兵部讨论，尚书王时中列举了其中不恰当的地方共五条，世宗命令守仁再做商议。十二月，守仁抵达浔州，正好巡按御史石金已经定计准备招抚，就遣散了各路兵马，留下永顺、保靖的土著士兵数千人，解除战备，原地休息。卢苏、王受本来就想得到招安而不能，听说守仁的部队来更加害怕了，只到这时才十分高兴起来。守仁到南宁，他们二人派遣使节请求投降，守仁命令他们来帐前听候命令。二人私下里议论说：“这位王公一向多诡诈，可别给他哄骗了啊。”所以布置了兵阵方才进去相见。守仁列举了他们的罪过，各打了一顿大棍，然后放了他们。又亲自进入他们的军营，安抚他们的七万兵卒。接着，写奏章上报给朝廷，陈说了用兵的十种害处，与招安的十大好处。就此请仍旧设立流官，酌情裁割田州的地盘，另立一新州，以岑猛的第二个儿子岑邦相为代理长官，暂时管理州事，等以后立了功正式提升为知州。在田州，设置了十九个巡检司，以卢苏、王受等人统领其事，一并接受流官知府的管辖。世宗都听从了他的意见。
断藤峡一带瑶族的乱民，往上接连着八寨，往下和仙台、花相等洞居的蛮人相通，势力绵延达三百多里，郡邑受其害已有几十年。守仁想讨伐他们，所以留在南宁。解退湖广一带的部队，以显示不再用兵。伺敌人不加戒备的机会，挺师而进，打下牛肠、六寺等十多个营寨，断藤峡的乱民全被平定了。于是沿着横石江向下，打败了仙台、花相、白竹、古陶、罗凤等地的乱民。命令布政使林富率领卢苏、王受的部队一直挺进八寨，攻克石门，副将沈希仪请出兵斩杀败逃的乱民，就这样荡平了八寨。
开始，世宗因为卢苏、王受的招安，派遣使臣持加盖玉玺的诏书前往奖谕。及守仁报上断藤峡的捷报，世宗却用手诏问阁臣杨一清等人，以为守仁自我吹嘘，并且问到守仁生平的学术思想。一清等不知怎么回答才好。守仁这次得到起用，是由于张璁、桂萼的推荐，桂萼原本不喜欢守仁，他的推荐是张璁强迫才做出的。后来桂萼领职吏部，张璁入主内阁，双方势均力敌，不相上下。桂萼平步青云，喜好功名，曾劝守仁占领交趾。守仁辞谢不听。一清很了解守仁，可是黄绾曾上书世宗想让守仁入为辅臣，诋毁一清，一清因此也不能没有迁恨之心。桂萼于是公开批评守仁征战、招安一并失误，因此，对守仁例行的封赏被取消了。方献夫和霍韬感到不公正，上书世宗争论说“：各路瑶民多年以来是国家的祸患，起初朝廷曾用兵几十万，仅仅占领一个思州，不久又被乱民占有。守仁片言只语传送过去，思恩、田州的乱民低头纳降。至于八寨、断藤峡的乱民，为深岩绝壁所阻隔，开国以来，没人敢轻易说到剿除他，现在一举铲平，好似摧枯拉朽。可是议论的人却说守仁接到的命令是出征思恩、田州，不曾命令他讨伐八寨。封疆大吏外出征战，有可以安定国家，造福社稷的机会，专断应是可以的。况且守仁曾经领到诏旨，允许灵活机动，见机行事，怎么就不可以这么办呢？守仁平定宁王叛乱，忌恨他的人诬蔑他当初曾和宁王同谋，又谎称他以车辆载运钱帛。当时大臣杨廷和、乔宇装饰成真，至今还不曾为守仁平反昭雪。作为大臣忠诚得像守仁那样，有大功勋像守仁那样，一受委屈于江西，再受委屈于两广。我们真怕做事的大臣灰了心，部队里将士离散，以后我明朝边疆有战事时，谁还肯再为陛下分挑担子呢？”世宗对此也只是说知道而已。
守仁这时已经病得很厉害，上书请求告老回乡，推荐勋阳巡抚林富代替自己，不等朝廷的批复就回去了。走到南安就病死了，终年五十七岁。灵柩经过江西，军民无不身着白衣，哭泣相送。
守仁天生不同常人。十七岁时拜访上饶人娄谅，和他讲论朱子格物之学的大意。回家以后，每日里正身而坐，研读五经，不轻易和人说笑。从九华山游历归来，在阳明洞中建造住室，泛览道、释两家的学说，几年下来没有什么收获。贬官于龙场时，荒僻之地，无书可读，只好天天思索旧日已得的知识。一天，忽然悟到格物致知，应当自求于己心，而不能去向事物求索，慨然感叹说：“道就在这里呀。”从此深信不疑。他因道设教，专门以发明良知为主旨。认为宋代周敦颐、二程兄弟以后，只有象山陆九渊的学说简易直捷，能够上接孟轲的学统。而朱熹的集注、或问等，是中年时还不成熟的学说。当世学者翕然而听从，所以社会上有“阳明学”的称法。
守仁死后，桂萼弹劾他擅离职守。世宗大为恼火，下令朝廷大臣议论。桂萼等人说：“守仁做事不取法先贤，讲学不称道前儒。想要标新立异抬高自己，才批评朱熹格物致知的学说；知道群众的公论不得赞成他，所以掇弄一本关于朱熹晚年定论的书。召引门徒，相互唱和。有才能的人喜欢他的随意，没出息的人借用他的虚名。师传弟习，转生错讹，越来越荒谬。但是守仁讨伐。。地的叛乱，活捉造反的宁王，功劳还是值得纪念的，应该免予追夺伯爵，以显示皇朝的信誉，禁止传播邪说，以端正人民的思想。”世宗于是发布诏书，停止了世袭伯爵的特权，后事处理的典礼也不予举行。隆庆初年，朝廷大臣很赞扬他的功绩，穆宗于是下诏追赠他为新建侯，谥文成。二年准予世袭伯爵。以后又有请把守仁与薛蠧、陈献章一齐放在文庙中从祀的，穆宗允准大臣讨论，结果以薛蠧从祀。到万历十二年(1584)，御史詹事讲又重申以前的请求。大学士申时行等人说：“守仁所讲致知出自大学，良知出自孟子。陈献章主静，继承宋朝大儒周敦颐、程颢。况且孝友之德，进退出处像献章，气节、文章、功业像守仁，不能说是禅客。实在应予尊崇、祭祀。”并且说胡居仁思想纯正，行为笃实，为社会舆论所肯定，也该一道祭祀。神宗皇帝听从了他。一直到明代灭亡，孔庙中从祀的也只守仁等四个人而已。守仁的学生遍布天下，那些专门列传的不再记载。只有冀元亨曾经和守仁共过患难。
冀元亨，字惟乾，武陵人，深信守仁的学说。考中正德十一年(1516)乡试。跟从守仁在赣时，守仁嘱托他教育自己的儿子。宸濠心怀不轨，但外表却追求高名，曾写信给守仁向他请教学问，守仁派元亨前往讲学。宸濠说一些挑逗性的话，元亨假装不明白他的意思，只是和他谈学问，宸濠以为他痴迷。后来为宸濠讲解西铭，反复多次，把君臣之间的大义讲得很明白。宸濠也佩服了，给他很多礼物，送他回去，元亨把这些礼物入了公。后来，宸濠叛乱失败，张忠、许泰诬蔑守仁曾和他勾结。审问宸濠，宸濠说没有。张忠等人不停地审问，宸濠说：“只是他曾经派冀元亨来和我讲论过学问。”张忠等这下十分高兴，就对元亨施以棒打，加以炮烙，元亨最后还是不承认，被戴上枷锁，投入京城的大牢之中。
世宗皇帝即位后，议论者一次次说明他的冤屈，被释放才五天也就死了。元亨在监狱中，对待其他囚犯如同兄弟，犯人们都感动得落泪。他被逮捕时，官吏同时收捕了他的妻子李氏，李氏面无惧色，说道：“我的丈夫尊敬师儒，热爱善德，哪里还有别的意图呢？”在监狱中，还和两个女儿一齐不停地编理麻粆。事情将澄清的时候，看守想放她们出去，她说“：不能看到我丈夫，出狱后我们到哪去？”按察司的官太太们听说了她的贤慧，召她上门，她婉词谢绝。她们亲自到监狱探望，李氏还是穿着囚服相见，手里还没有放下麻粆编理的活儿。问到她丈夫的学问，她说：“我丈夫的学问就是妇女不要走出闺门与衽席之间。”这些官太太们一听这话，顿时肃然起敬。
评论：王守仁最初因为正直有节操而著名，等到负责疆场的战事的时候，率领一支无战斗力的军队，背后几个文弱书生，却也能扫除多年不法的乱民，平定藩王的武装叛乱。整个明朝一代，文官用兵而克敌制胜，没有像守仁这样出色的。当着险难重重，并为皇帝疑心的时候，他能够做到精神专一、策划周到。这虽然因为他天资高明，不也是得益于他那精神世界吗？可是他夸耀自己的学术创见，标新立异，不同于先代的大儒，最后受到了学者的批评。守仁生前曾说胡世宁没有讲学，世宁说：“我倒是恨先生你多了讲学一事！”桂萼对他的指责虽然源出嫉恨的私心，但守仁学说的流弊是那样的，这不能因为他功绩很多就为他忌讳不说。